기후에너지환경부 소관 국정과제에 ‘4대강 재자연화’가 포함되면서, 4대강 보(湺)에 설치된 소수력 발전이 위축될 전망이다. 소수력 발전은 하천의 낙차를 이용해 전기를 만드는 소규모 발전 방식으로, 현재 4대강 16개 보 모두에서 운영 중이다. 정부가 재생에너지 확대를 추진하는 과정에서 소수력 발전은 정책 우선순위에서 밀리고 있다는 지적이 나온다. 보를 개방하거나 해체하면 소수력 발전이 사실상 멈추기 때문이다.